Nacido en Valencia, Pablo Márquez Caraballo comienza muy joven los estudios de órgano, clave y composición en el Conservatorio de Valencia, obteniendo dos primeros premios extraordinarios de final de carrera por unanimidad. Durante estos años, se formó bajo la tutela de Montserrat Torrent y Oscar Candendo (ESMUC), quiénes influirían de manera decisiva en su posterior carrera musical.
En 2007 se traslada a Francia becado por el Instituto Valenciano de la Música, para continuar sus estudios en el Conservatoire à Rayonnement Régional de Toulouse, teniendo la oportunidad de trabajar con Michel Bouvard (órgano), Jan Willem Jansen (clavecín), Philippe Lefebvre (improvisación) y Guy Ferla (composición). Finaliza dichos estudios obteniendo la mención “très bien” en su examen final.
En 2009, interesado en la interpretación de la música antigua, se traslada a Holanda para continuar sus estudios. Después de ser galardonado con la prestigiosa beca Huygens Scholarship Programme del Ministerio de Educación Holandés, Pablo Márquez emprende los estudios de Master en la especialidad de órgano en el Conservatorium van Amsterdam con el profesor Pieter van Dijk. Termina dichos estudios con un recital en los órganos históricos de la Grote Sint Laurenskerk en Alkmaar (Van Covelens, 1511 y Van Hagerbeer/Schnitger, 1639-1646) y una ponencia de su trabajo de investigación “Interpretación de la música para tecla del s. XVI español”. Así mismo realiza los estudios de clavecín y música antigua en el Real Conservatorio de la Haya con Fabio Bonizzoni, teniendo la oportunidad de estudiar igualmente con Ton Koopman y Patrick Ayrton.
Asiste también a clases magistrales con los organistas y clavecinistas más destacados; de música antigua y barroca con Gustave Leonhardt, Ton Koopman, Jean-Claude Zehnder, Hans Fagius, Wolfgang Rubsam y Jacques van Oortmerssen; de música francesa y romántica con Daniel Roth, Louis Robilliard y Olivier Latry; y en improvisación con Lionel Rogg, Edoardo Bellotti, William Porter, Jos van der Kooy y Wolfgang Seifen.